西芹高产栽培，必须实行配方施肥。做到粗肥、细肥合理搭配，氮、磷、钾三要素合理搭配，大量元素与微量元素合理搭配。增施有机肥料，可有效地解决微量元素缺乏，并可提高西芹植株的抗病性、抗逆性。因此，施肥时一般要遵循有机肥为主、无机肥为辅的原则。但由于种植习惯及肥料来源的限制，即使种植西芹这种经济效益较好的作物，也难大量施用优质有机肥。每生产l000千克西芹，需吸收氮3.6千克，磷1.5千克，钾6千克。实际施用量要远高于吸收量。一般不计土杂肥的养分，按产量指标，依据单位产量的吸收量和施肥倍率来计算三要素的用量。目前，三要素的施肥倍率为：氮素化肥为2，磷肥为3，钾肥为1.3。化肥以底施为主，氮肥底施为50%左右，磷肥90%底施，其余10%左右作前期追肥。钾肥50%-60%做底肥，其余分期追施。不同地区、不同栽培水平、不同土壤肥力和质地，西芹单位产量吸肥量也不相同，要注意运用本地区的测定数据，有条件的可具体测量。
西芹对缺硼高度敏感，是易发生缺硼症状的作物之一。硼肥的增产效果也很明显：施用方法也可分为底施、追施、叶面喷洒3种。以喷洒最为常用，其次是底施。硼肥多施用硼砂。喷洒浓度为0.2%-0.3%，每亩每次喷洒药液50千克左右，缓苗后喷洒第1次，隔10天左右再喷1次，一般喷洒2-3次。底施或追施一般每亩施用硼砂0.5-1.0千克。
发生缺素症状时，其他微肥元素可进行叶面喷施。
