黑籽南瓜的种子有一个特点，前1年充实的种子发芽好，不充实的种子发芽差；但当年的种子却正相反，充实的种子发芽率较低，而不充实的种子发芽率却相对要好。
这主要是黑籽南瓜种子具有一定的休眠特性所造成的。新采收的饱满种子由于还处于休眠期，所以发芽率相对较低，不饱满的种子由于发育还不充分，还未完全进入休眠，故发芽率反而要高。
种子存放1年以后，饱满种子已解除休眠，发芽率就高，而不饱满的种子，因发育不充分，发芽能力下降较快，到第二年也就没有多少发芽能力了。这就是，士产中为什么要采用隔年陈种的原因。
采收种瓜时，要小心操作，避免损失果实，以免果实在后熟过程腐烂。种瓜采收后，要先放在通风干燥处后熟10天左右，然后再进行采种。黑籽南瓜果实内的汁液具有一定的腐蚀性，因此采种时要戴胶皮手套，勿使果汁接触皮肤。
黑籽南瓜种子外具有一层黏膜，采种时应用清水反复淘洗干净，然后摊在尼龙筛网或竹编筛网上，在阳光下晒半天，再阴干3-4天，让种子充分干燥。待种子充分干燥后，将种皮变形、颜色差、种皮过厚或过薄、籽粒极小的种子去除，然后将种子装袋置于阴凉干燥处保存。
