黑籽南瓜的定植密度一般为行距2-3米，株距60-70厘米。种植黑籽南瓜，主要是以采种为目的。为了提高种子产量，需要进行人工授粉。由于早春种植时，前期气温还相对较低，日照也短，雌花比雄花要早开7-10天。为了提早坐瓜，应先将一部分种子提前10天左右播种和定植，让这部分植株作为花粉源，用于为正常播种和定植的采种株提供花粉。采种株上的第一朵雌花，一般不进行授粉，并及早摘除，而选第二、第三朵雌花进行授粉。
黑籽南瓜根系较发达，吸肥能力强，长势较旺。栽培中要适当控制植株的长势，以免影响坐果。所以，黑籽南瓜栽培过程中，施肥量要根据采种田的土壤肥力及前茬作物情况而定，不宜施肥过量。
黑籽南瓜的果实成熟较晚，一般在雌花开放后90天以上，采收的种子才有较高的发芽率。为了延长黑籽南瓜的生育期，生产中一般要采用小拱棚覆盖等措施，来促进植株生长，延长生育期。
黑籽南瓜一般采用相对粗放的管理方法，一般不进行整枝。
