对辣椒种子消毒，可杀死种子表面附着的病菌，提高种子的发芽率，增强幼苗的抗病性。常用的消毒和浸种方法有：
一、温水浸种
用55℃温水(种子体积的4～5倍)，装在清洁的容器中，放入种子，不停搅拌至水温降到30℃，再继续浸种10小时左右。
二、温水稀土浸种
将种子放入清洁的容器中，先用清水浸3小时，然后加热水使水温达到50℃浸15分钟，水温降到25℃时加入万分之五的稀土水(1升水加入0.5克稀土)继续浸泡10小时左右，出水后用清水洗净即可催芽。
三、微量元素浸种
用0.003％的硼酸或0.02％的硫酸铜、硫酸锌、硫酸锰等溶液浸种5～6小时，可促进早熟，并有增产作用。
四、药剂浸种
先将辣椒种子在清水中浸4小时，出水后放入10％磷酸三钠溶液中浸20～30分钟，或预浸5～6小时，药浸15分钟，可防治病毒病。另外在20％的氢氧化钠溶液中浸种15分钟，也有防治病毒病的效果，因为磷酸三钠和氢氧化钠都可使病毒活力钝化，所以有抑制病毒病作用。
五、催芽
辣椒种子浸种后反复用清水淘洗，除尽辣味，用纱布包起，放在大碗或小盆中，覆盖湿纱布或湿毛巾，在28℃～30℃的条件下催芽，每天要用30℃左右清水淘洗两遍，4～5天可出芽，25℃则需7天出芽。
