①脐腐病：主要危害幼果，发病初期在果实脐部出现水浸状暗绿色病斑，逐渐变成暗褐色或黑色，后期在潮湿条件下，病斑处形成黑色或红色霉状物，果实提早转红。由于土壤忽干忽湿、突然变化或持续高温干燥后骤降暴雨等引起此病。
应适时灌水，尤其在结果期更要注意水分的均衡供应，严防忽干忽湿。在施足农家有机肥作底肥后，还要增施钙肥。在坐果期可喷洒1%过磷酸钙或1%氯化钙作根外追肥，每15天喷1次，连喷施2次。
②筋腐病：果实着色不均，靠胎座果面凸起，呈红色，靠种子腔部凹陷仍呈绿色，果皮维管束呈茶褐色，发硬。棚室内光照不足与发病率关系极为密切。土壤中氮、钾比例失调，氮多、缺钾及土壤含水量多等易造成筋腐病的发生。
防治方法：选用抗逆性强的品种，在施用腐熟有机肥的同时调整氮、磷、钾肥施用量，加强肥水管理，保持土壤含水量适度。合理密植，改善番茄生长条件，增强光合作用。
③畸形果：一般在第一穗果中发生严重，病果呈椭圆、扁圆、菊花、尖鼻等形状，心室数较正常果多。肥水管理不善，花芽分化期养分积蓄过多，花易畸形并导致果畸形，且在花芽分化期和发育期遇持续8℃以下低温，易产生畸形果。在花期施用2，4-D、防落素等生长激素浓度不当也易造成畸形果。
防治方法：选用高产、抗逆性强、对低温不敏感的品种。育苗期采取保温措施，使棚内最低温度保持在8℃以上。加强肥水管理，氮、磷、钾肥配合施用，避免养分积蓄。正确施用生长激素蘸花。
