目前日光温室辣椒以冬春茬为主，也有春茬和秋冬茬栽培的。大、中棚主要是春茬栽培，棚室春茬辣椒又往往是连秋栽培。一茬辣椒在棚室内栽培时间长，都能遇到低温弱光和高温强光季节，病毒病等病害又时有为害。
因此，棚室辣椒应选用对温度适应能力较强又有较强抗病毒病能力的品种。品种选用还应考虑市场和消费者的需要，销向以食甜椒为主的地区，应以栽培甜椒为主；销向以食辣椒为主的地区，以栽培辣型品种为主。但多数地区以麻辣型品种最受市场欢迎。总的应以栽培麻辣型品种为主。
棚室栽培都应尽量选用早熟和中早熟的品种。尽量选用果肉较厚、耐运输的品种。目前辣椒也几乎没有保护地专用品种，综合以上各项因素，推荐以下优良品种供各地栽培时选用。
辣型品种：湘椒2号、湘研6号、赣椒1号、中椒6号、保加利亚尖椒和羊角椒等，都是尖椒，果味麻辣；苏椒6号、津椒3号、辽椒4号、沈椒4号、九椒4号和哈椒杂1号等，果实都是灯笼形，果味麻辣。
甜椒品种：甜尖椒2号，果实羊角形，果味甜，微有辣味；苏椒4号、中椒3号、甜杂2号、辽椒3号、哈椒2号等，果实均为灯笼形，果味甜。
